A metodologia de formação-ação do IAPMEI distingue-se por levar a capacitação diretamente para o contexto empresarial, envolvendo toda a organização. Este modelo de formação em alternância supera as limitações do ensino tradicional através de três vertentes que se complementam:

Formação em sala: Partilha de experiências e aquisição de conhecimentos em ambiente interempresas.

Formação on the job: Apoio direto de formadores-consultores na empresa para realizar diagnósticos, definir planos de ação e acompanhar a sua implementação.

Ação na empresa: Aplicação prática dos conhecimentos adquiridos para desenvolver as medidas concretas definidas no plano de intervenção.

Através da "Academia de PME", o processo foca-se na resolução de problemas reais e em projetos de mudança, permitindo que as empresas consolidem a aprendizagem à medida que aplicam soluções. O objetivo é que cada intervenção resulte num projeto de desenvolvimento sustentável que perdure além da duração do programa.